明治後期より始まった近代的な「酸化染毛剤」は、第一次世界大戦、第二次世界大戦/太平洋戦争によって、その原料成分の輸入が困難になり、昭和初期には業界全体で一致した活動が求められるようになりました。
昭和13年4月に制定施行された国家総動員法によって、1.染毛剤への10％物品税課税、2.原料成分の配給統制、3.同業組合の結成と強制的加入といった染毛剤の製造販売業者としては、困難な施策が次々と実施されていきました。
昭和16年に入ると、国家総動員法に対応した工業組合としての設立準備が進められ、翌17年2月に「日本染毛剤工業組合」が法人設置認可を受けた。国家総動員法や商工統制組合法によって強制的に組織された同業組合・統制組合は、昭和20年の敗戦によってその存在意義を失い、昭和21年4月以降、名称変更や解散、再出発が行われました。
統制組合「医療外部品統制組合」は昭和22年に解散し、直ちに「日本染毛剤工業会」に改組されました。この組織は、当時依然として入手困難であった染毛剤原料を工業会会員に分配していましたが、その行為は、新たに制定された事業者団体法に抵触する可能性があったため、わずか2年後の昭和24年に一旦解散して、「染毛剤懇話会」として再組織することになりました。
昭和28年、当時の厚生省は、薬務局長通知（昭和28年2月28日付薬発第76号）を発出し、染毛剤は「医薬品」として扱われることになりました。
新たに薬事法（昭和35年法律第145号、現行薬事法）が昭和35年8月10日に公布され、翌昭和36年2月1日から関係政省令とともに施行されました。この新薬事法制定前後に行った染毛剤懇話会等の業界からの陳情が実を結び、染毛剤は、新薬事法の医薬部外品に指定（昭和36年11月1日付厚生省告示第378号）されました。

田尾有海（アリミノ化学、現アリミノ）会長時代

田尾有海氏は、現行薬事法の具体的な内容が議論されていた昭和34､5年頃、美容業界団体として、染毛剤メーカーの集まりの必要性を強く感じ、「日本ヘヤダイ工業会」の設立を以前からの仲間に呼びかけ、昭和35年10月3日に銀座セフテイ商会で、同工業会設立総会を挙行しました。日本ヘアダイ工業会は、業界を挙げてのヘアカラー普及活動にも取り組み、理美容業界団体活動への協賛・共同キャンペーン、ヘアカラーコンテスト、流行色の選定と提案などの事業を行っていました。

山本清雄（山発産業、現ヘンケルジャパン）会長時代

昭和45年、ある新聞が「ヘアカラーの安全性」を記事として取り上げ、社会的な関心を集めることとなりました。これを受け、日本ヘアダイ工業会は、ヘアカラーの「原料規格」や「パッチテスト」等の安全関連事項について検討を行うとともに、消費者を対象にした「使用上の注意事項」を作成すべく取り組みを始め、その成果が昭和45年４月21日付薬発第376号厚生省薬務局長通知「染毛剤使用上の注意事項」として結実しました。
昭和50年には、Amesの論文をきっかけとした、業界の存立基盤を揺るがせかねない安全性上の懸念が明らかとなり、日本国内だけではなく、欧米諸国の染毛剤メーカーとの安全性に関する情報交換が始まりました。

水野金平（ホーユー）会長時代

日本国内でPL法が施行されるにあたり、消費者への啓発強化を目的として、ヘアカラーに関する冊子の発刊やHPの開設を行い、また、消費者への注意喚起を強化するため、様々な自主基準を制定しています。引き続き、欧米諸国の染毛剤メーカーとともに、安全性に関する調査研究や協議を行い、平成15年には横浜で国際会議を開催するに至りました。
平成14年には会長会社内にあった事務局を東京に移して独立した事務所として開所しました。さらに、工業会の裾野を広げるため、新たに賛助会員制度を導入しました。

水野新平（ホーユー）会長時代

工業会では27年間愛知医科大学と共同で「愛知県の理容師集団におけるがん死亡」について疫学調査研究成果を論文にし、「染毛剤とガンとの関連性についての疫学調査が行われていますが、各種ガンとの関連性は全く認められていません。」というヘアカラーの安全性に関する見解をまとめました。
ヘアカラーのかぶれ防止啓発の強化として、製品個装箱へ記載可能な「パッチテスト啓発マーク」導入の推進を行ったり、「ヘアカラーリングABC」を改訂したりしました。さらに、ヘアカラーの情報をわかりやすく伝えるために、HP改訂作業に着手いたしました。
平成２３年 ６月、グランドプリンスホテル高輪にて50周年式典を挙行いたしました。

水野真紀夫氏（ホーユー）の会長就任前後からJHCIAでは、安全性への取り組みをより活性化させていました。平成27年10月、消費者安全調査委員会から「毛染めによる皮膚障害」について報告書が公表され、その活動はさらに加速しました。多くの施策を実施するために工業会内の組織体制を再整備し、また、外部団体とも協働しています。